目的
日本食品安全協会は、基礎医学（主として生化学・生理学）の教育が十分に行われている教育機関の学生とその卒業生に対し、栄養学や健康状態の診断に必須の臨床検査等に関する教育を行います。さらに、健康食品等の安全性、効果、医薬品との相互作用及びその取り扱いに関する知識についての教育を行います。そしてそれらの総合知識を試験し、一定以上の能力がある者を健康食品管理士として認定証を与え、国民の健康に寄与することを目的としています。（註 ここでいう健康食品とは医薬品以外の主として食品およびその成分で、健康への寄与が具体的に認められているものを総称する。）
当協会の基本姿勢は、平成14年に厚生労働省から出された「保健機能食品に係わるアドバイザリースタッフの養成に関する基本的考え方について」を尊重しています。